E' proprio a causa di tali lame se fin dai tempi preistorici è riscontrabile una occupazione umana del territorio massiccia e capillare. E infatti, il suggestivo complesso naturale delle Grotte di Santa Croce, sul versante destro della omonima lama, ha restituito le pił antiche tracce della presenza umana nel territorio, dal Paleolitico Medio (circa 70.000 anni fa). All'interno della grotta è stato rinvenuto un femore umano attribuibile alla specie Homo Sapiens Neanderthalensis, di cui è possibile vederne il calco, custodito all'interno della grotta stessa. La presenza umana in questo sito continua anche nei millenni successivi: gruppi di agricoltori e allevatori del Neolitico continuarono a frequentare la grotta, come attestano i numerosissimi attrezzi in selce e i reperti ceramici, decorati a impressioni, a graffito o dipinti in bruno e rosso. (Parte di questo materiale è attualmente esposto nel Museo Civico Archeologico di Bisceglie, alloggiato nelle sale dell'ex Monastero di Santa Croce). Ma di sicuro il reperto più importante, in quanto ad originalità ed eccezionalità, è una stuoia in fibre vegetali, di forma grosso modo ovale, una sorta di borsa floscia, adatta al trasporto di derrate. Si tratta del lavoro a intreccio pił antico (metą V millennio a.C.) rinvenuto in Italia. E' possibile vedere un calco assolutamente fedele conservato all'interno della grotta nel punto esatto in cui è stato rinvenuto l'originale.
Oltre alle Grotte di Santa Croce, numerosi sono gli insediamenti di età Neolitica, spesso impervi e perciò difficilmente raggiungibili, alcuni indagati solo in parte, altri esplorati solo in superficie. Seguendo il letto del torrente Le Lame, dopo circa 300 metri, sul versante destro, si incontra una sequenza di cavità naturali nascoste tra la folta vegetazione: la Grotta del Finestrino, la Grotta delle Due Crocette, la Grotta di Navarino. Alla periferia orientale della città, lungo il litorale di levante, in zona Cala Pantano e in Contrada Carrara San Francesco sono stati individuati vasti insediamenti capannicoli, che hanno restituito numerosi reperti litici e ceramici.